十二指肠溃疡的主要临床表现为上腹部疼痛，可为钝痛、灼痛、胀痛或剧痛，也可表现为仅在饥饿时隐痛不适。典型者表现为轻度或中度剑突下持续性疼痛，可被制酸剂或进食缓解。临床上约有2/3的疼痛呈节律性：早餐后1～3小时开始出现上腹痛，如不服药或进食则要持续至午餐后才缓解。食后2～4小时又痛，也须进餐来缓解。约半数患者有午夜痛，病人常可痛醒。节律性疼痛大多持续几周，随着缓解数月，可反复发生。

十二指肠溃疡发病有以下特点：①慢性过程呈反复发作，病史可达几年甚或十几年。② 发作呈周期性，与缓解期相互交替。过去发作期可长达数周或数月，现因有效治疗而显著缩短。缓解期亦可长短不一，短的仅几周或几个月，长的可达几年。③发作有季节性，多在秋冬或冬春之交发病，可因不良精神情绪或解热镇痛药及消炎药物诱发。④多发于中青年男性。

部分病例可无上述典型的疼痛，而仅表现为无规律性较含糊的上腹隐痛不适，伴腹胀、厌食、嗳气等症状。随着病情的发展，可因并发症的出现而发生症状的改变。一般来说，十二指肠溃疡具有上腹疼痛而部位不很确定的特点。如果疼痛加剧而部位固定，放射至背部，不能被制酸剂缓解，常提示后壁有慢性穿孔；突然发生剧烈腹痛且迅速蔓延及全腹时应考虑有急性穿孔；有突然眩晕者说明可能并发出血。